С 18 апреля 2025 года Государственное унитарное предприятие «Башавтотранс» Республики Башкортостан реорганизовано в Акционерное общество «Башавтотранс». Надир Самиев, возглавляющий организацию с 2018 года, продолжит исполнять обязанности генерального директора. Единственным акционером компании стала Республика Башкортостан в лице Министерства земельных и имущественных отношений. Основной вид деятельности предприятия остался прежним, что гарантирует преемственность всех процессов и обязательств перевозчика.

Это изменение обусловлено федеральным законом от 27 декабря 2019 г. № 485-ФЗ «О внесении изменений в Федеральный закон «О государственных и муниципальных унитарных предприятиях» и Федеральным законом «О защите конкуренции», вступившим в силу 8 января 2020 г., по которому государственные унитарные предприятия подлежат ликвидации либо реорганизации путем преобразования в иные организационно-правовые формы.